Rapid Wien

Beliau memulakan kerjayanya sebagai jurulatih bola sepak di kelab Bundesliga Austria, SK Rapid Wien. Beliau menjawat jawatan itu bermula pada 6 September 2001 hingga 14 Mei 2002. Di bawah kendalian Matthaus, kelab Austria itu mencatat keputusan turun naik.

FK Partizan

Pada Disember 2002, Matthäus telah dilantik menjadi ketua jurulatih kelab Serbia, FK Partizan selepas pemecatan jurulatih Ljubiša Tumbaković. Matthäus seterusnya menandatangani kontrak 18 bulan.

Matthäus mengendali Partizan untuk meraih kejuaraan liga pada musim 2002-03 selepas mendahului satu mata berbanding pencabar kejuaraan di tempat kedua, Red Star Belgrade. Selain itu, Partizan mengetepikan cabaran Newcastle United dalam pusingan kelayakan Liga Juara-Juara Eropah bagi melangkah ke peringkat kumpulan Liga Juara-Juara. Dalam saingan peringkat kumpulan, Partizan terpaksa berhadapan era galáctico pertama Real Madrid, FC Porto yang akhirnya menjadi juara kejohanan dan Olympique de Marseille. Partizan menamatkan aksi Liga Juara-Juara di tempat tercorot sekali gus terlepas tempat ke saingan Piala UEFA.

Pada 13 Disember 2003, selepas tamatnya perlawanan terakhir liga bagi separuh musim 2003-04 (menang 0-1 ke atas FK Železnik di tempat lawan), Matthäus secara mendadaknya meletak jawatan sebagai ketua jurulatih Partizan. Seorang jurucakap mengatakan Matthäus akan menjelaskan keadaan sebenar pada satu sesi persidangan yang dijadualkan dua hari nanti. Akan tetapi, menerusi laporan Hungary, Matthäus telah bersetuju untuk menjadi pengendali pasukan kebangsaan Hungary selepas mencapai kata sepakat dengan Persekutuan Bola Sepak Hungary. Bukti spekulasi tersebut benar apabila Matthäus menandatangani kontrak di Budapest dan diperkenalkan kepada media di Hotel Corvinus Kempinski.

Pasukan kebangsaan Hungary

Matthäus menjadi pengurus pasukan bola sepak kebangsaan Hungary pada 14 Disember 2003. Matthäus diberi tanggungjawab untuk mengendali anak buahnya bagi mengharungi kempen kelayakan Piala Dunia 2006. Hungary sedikit sukar apabila dicabut satu kumpulan bersama Sweden, Croatia dan Bulgaria.

Kempen kelayakan Piala Dunia bermula pada musim luruh 2004. Pasukan Hungary bermula dengan langkah kiri apabila tewas 3-0 kepada Croatia di tempat lawan sebelum meraih kemenangan sengit 3-2 di halaman sendiri menentang Iceland. Sebulan seterusnya, Hungary mencatatkan keputusan mengecewakan apabila tewas 3-0 kepada Sweden di tempat lawan. Sebelum rehat musim sejuk, Hungary menewaskan pasukan tercorot, Malta. Di samping itu, pasukan Hungary di bawah kendalian beliau mencatatkan keputusan sedikit memberansangkan apabila menang 2-0 dalam perlawanan persahabatan menentang Jerman pada 6 Jun 2004.

Apabila kempen diteruskan pada lewat Mac 2005, Hungary menyambut kedatangan Bulgaria sebagai pelawat dan dianggap perlawanan "wajib" menang bagi skuad Matthäus. Walau bagaimanapun, kedua-dua pasukan terikat seri 1-1. Akhirnya, Hungary menamatkan kempen di tempat keempat dengan memungut 14 mata daripada 10 perlawanan. Seperti tidak disangka, Matthäus sehinggakan menerima tawaran kerakyatan Hungary ketika membimbing pasukan itu. Tetapi, beliau menolak tawaran tersebut dan meninggalkan pasukan kebangsaan Hungary pada 1 Januari 2006.

Atlético Paranaense

Matthäus mendantangani kontrak setahun untuk menjadi jurulatih kelab Brazil, Atlético Paranaense yang berpusat di Curitiba pada 11 Januari 2006.[1] Walau bagaimanapun, hanya selepas tujuh perlawanan (lima kemenangan, dua seri) dari permulaan musim 2006, beliaiu meninggalkan kelab pada Mac 2006 atas dasar untuk lebih rapat bersama keluarganya. Lima minggu selepas beliau menandatangani kontrak, kelab dalam pernyataan rasmi menyatakan Matthäus perlu bergegas kembali ke Eropah untuk uruskan masalah peribadi tetapi memastikan beliau akan pulang dalam masa tiga atau empat hari kemudian. Selepas tidak menjelma selama dua minggu, beliau mengumumkan perletakan jawatan pada 20 Mac dan beliau kembali ke Brazil untuk mengemas barangan peribadinya. Sepuluh hari seterusnya, Atlético menyatakan Matthäus berhutang 13,000 R$ (5,915 dolar Amerika) dan kelab tetap mahu Matthäus untuk membayar semula.

Red Bull Salzburg

Pada 19 Mei 2006, hanya dua bulan selepas meninggalkan Brazil, Matthäus telah diumumkan menjadi ketua jurulatih Red Bull Salzburg bagi menghadapi musim 2006–07. Tidak lama selepas itu, kelab Austria itu membawa masuk Giovanni Trapattoni (bekas jurulatih Matthäus ketika di Internazionale dan Bayern) untuk menjadi pengarah bola sepeak. Ketika latihan, Trapattoni dan Matthäus berkongsi tugas-tugas kejurulatihan mereka.

Walaupun membawa Salzburg meraih kejuaraan liga, Matthäus dikejutkan apabila dipecat pada 12 Jun 2007 selepas keputusan sebulat suara oleh lembaga pengarah Red Bull Salzburg.

Maccabi Netanya

Pada 13 April 2008, Matthäus diumumkan akan mengendali kelab bola sepak Israel, Maccabi Netanya dari permulaan musim 2008-09.

Pada 29 April 2009, di kala liga Israel masih berlangsung dan pasukan Netanya menduduki tempat keempat, Matthäus diumumkan tidak akan kembali buat musim kedua selepas musim pertama ditamatkan. Punca lain diutarakan adalah masalah kewangan yang dihadapi kelab. Pasukan Netanya menduduki tempat keempat pada musim itu.

Pasukan kebangsaan Bulgaria

Pada 23 September 2010, Matthäus diumumkan menjadi ketua jurulatih pasukan kebangsaan Bulgaria selepas perletakan jawatan Stanimir Stoilov sewaktu beberapa minggu sebelumnya. Beliau menandatangani kontrak satu tahun bersama pilihan lanjutan dua tahun.

Bulgaria mula dengan baik di bawah kendalian Matthäus apabila melakar keputusan menang 1-0 ke atas Wales 1-0 di Cardiff. Seterusnya, Matthäus membimbing Bulgaria meraih kemenangan pertama pada tahun 2010 dan dalam kempen kelayakan UEFA Euro 2012. Pada 12 Oktober 2010, Bulgaria mencatat keputusan menang 2-0 ke atas Arab Saudi dalam perlawanan persahabatan. Namun pada 17 November 2010, Bulgaria tewas 1-0 kepada Serbia di laman sendiri dalam aksi persahabatan. Walaupun menang pada perlawanan kelayakan Euro pertama menentang Wales, Bulgaria terpaksa akur selepas terikat seri menentang Switzerland dan Montenegro serta tewas di laman sendiri kepada England. Pada 19 September 2011, Matthäus akhirnya dipecat.